R&D 부당공제 기업, 추징금만 270억…3년동안 10배 증가했다

연구개발 활동을 하지 않고 허위 연구소를 설립하고, 남의 논문을 베껴 부당하게 세액공제를 받는 등 제도를 악용한 조세회피 행위가 늘어나고 있다.

21일 데이터뉴스가 국세청의 'R&D 세액공제 사후관리 추징 현황'을 분석한 결과, 추징 실적은 2021년 27억 원에서 2024년 270억 원으로 10배 증가했다.

국세청은 연구 및 인력개발비 세액공제에 대한 부당공제를 방지하기 위해 매년 사후관리를 실시하고 있다. 

2023년부터는 연구 및 인력개발비 세액공제 업무를 전담하는 본청의 전문심사관과 지방청 전담팀이 협력해 그동안 과세 사각지대에 있던 연구개발활동을 집중검증해 364개 기업에 대해 116억 원을 추징했다.

하지만 부당하게 세액공제를 받는 기업은 더욱 늘어나 2024년 국세청은 864개 기업을 적발하고 270억 원을 추징했다.

이 기업들의 대표적인 수법으로 ▲타인의 논문을 도용한 자료 제출 ▲일반 직원을 연구원으로 허위 등록 ▲일반 연구개발(25%)에 고율의 신성장·원천기술 연구개발 공제율(30~40%) 적용 ▲연구소 미인정 기업이 해명자료 조작해 제출 ▲연구개발출연금을 제외하지 않고 세액공제 신청 등이 있다.

국세청은 악의적인 부당공제에 엄정히 대응하는 한편, 선의의 납세자가 공제 대상 판단에 착오를 겪어 추후 공제세액과 가산세까지 추징되는 사례를 막기 위해 사전심사 제도를 실시 하고 있다.  

사전심사를 받고자 하는 기업은 홈택스, 우편, 방문접수를 통해 연중 언제든지 신청할 수 있고, 법인세(소득세) 신고기한 전까지 통지받은 심사 결과는 신고에 즉시 반영할 수 있다. 또한 기업이 사전심사 결과에 따라 신고하면, 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되고, 추후 심사 결과와 다르게 과세처분 되더라도 가산세가 면제되는 혜택을 받을 수 있다.

국세청은 "기업이 스스로 세액공제 적정 여부를 판단하는 데 도움이 되도록 전문심사관이 진행하는 온라인설명회 및 한국산업기술진흥협회와의 공동 설명회 등 교육을 지속 확대하고, 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인 책자를 제작·배포할 예정"이라고 말했다.

또한 "세액공제 제도를 불법적으로 악용해 국가재정의 건전성을 저해하고, 공정과세 실현을 방해하는 부당한 세액공제에 대해서는 강력하게 대처하겠다"며, "허위 연구소 설립, 타인 논문 복제 등 지능적 탈세행위에 대한 정보수집 및 모니터링을 강화하고, 연구개발 활동 불분명 기업에 대한 검증을 지속적으로 확대해 과세 사각지대를 축소해 나가겠다"고 말했다.

박혜연 기자 phy@datanews.co.kr